市水利局机关内设8个职能科（室）：
（一）办公室
协助局领导处理机关日常事务；完成和督促检查局务会和局长办公会决定的事项，对各科室工作进行综合协调；负责起草局重要文件、报告和总结；负责局重大会议的组织；负责文秘、政务信息、档案、保密、信访、建议和提案办理工作；负责系统内安全保卫、计划生育等工作。
（二）政工科
负责局机关、直属单位的机构编制和人事管理工作；配合有关部门做好专业技术人员职称评聘工作；负责本系统劳动保护、保险、工资和福利工作；负责干部、工人劳动工资统计年报工作；编制全市水利科技和教育发展规划，组织本行业的科技攻关和科技成果推广工作；负责水利职工的教育培训工作。
（三）计划财务审计科
组织编制全市水利发展战略、总体规划、中长期规划和年度计划；会同有关部门制定水中长期供求计划和年度计划；综合审查专业规划；负责重点水利工程项目立项申报和审核审批工作；负责水利财务统计工作；指导和监督全市水利行业的财务、会计管理；组织筹措水利建设资金，负责水利规费收入的使用管理；编制水利资金计划，审查水利事业经费预算及资金的使用管理情况；负责全市水利系统国有资产的监督管理和局直单位财务管理工作；负责系统内的财务审计和局直各单位有关负责人离任审计工作；负责配合上级审计部门做好本部门的审计工作。负责防汛抗灾后勤保障工作。
（四）农田水利水保科
主管全市农田水利工作；负责全市灌排区和机电排灌站的建设和管理；编制全市农田水利基本建设的规划和计划，负责项目初审并组织实施；配合制定实施全市防洪排涝调度方案；组织指导全市农田水利基本建设和农村水利社会化服务体系建设；负责全市水土保持和农村节水工作。
（五）水政水资源科
负责水行政执法工作；承办协调部门间和地区间的水事纠纷工作；承办水行政案件的复议工作；承办水资源的统一规划、管理和保护工作；组织实施取水许可制度和水资源费的征收制度；拟定全市水量分配方案，组织全市水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，监测江河湖泊的水量水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；组织建设项目的水资源论证及其环境影响的评价；指导全市计划用水、节约用水和城市供水的水资源规划工作；组织全市水资源的调查评价。
（六）河道堤防科
负责全市河道堤防行业管理，贯彻执行《河道管理条例》，对河道堤防水利工程进行保护；编制全市河道和堤防的整治规划和计划，负责项目初审、报批，并组织实施；监督执行河流、洪水调度方案，组织河道防汛工作，管理沿河、沿堤闸；负责组织河道管理范围内兴建各类建设项目的防洪安全审查，并监督实施。
（七）建设科
对全市水利工程建设进行行业管理，严格执行项目法人责任制、招标投标制、建设监理制、合同管理制；规范、指挥全市水利行业的质量管理、水利工程建设的监理和合同管理工作；组织水利工程的市级验收；组织和协调重点水利工程的建设；组织研究解决全市水利工程建设和管理中的重大疑难技术问题；负责本行业勘查、设计、施工、监理、咨询、招标代理机构资格的审查和申报工作。
（八）企业管理办法（副科级）
负责系统内企业国有资产的监督与管理；指导系统内企业改革和发展工作。
市“三防”总指挥部办公室设在市水利局。其主要职责是：按照“三防”总指挥部的指示，组织、指导和协调全市“三防”工作。市“三防”办公室内设水雨情调度科和通讯科。水雨情调度科的主要职责是：负责收集、整理、分析水雨情；负责天气形势的预报；配合局有关科室编制防洪排涝抗旱调度方案及防洪抗旱预案，为全市防汛抗灾指挥调度当好参谋；负责全市防汛排涝抗旱情况的综合整理，并及时向社会发布水雨通报、公告。通讯科的主要职责是：负责防汛通讯设施的建设和管理工作；负责防汛通讯设备的正常运行，保证防汛抗灾政令通畅；负责防汛抗灾期间通讯设施的抢修工作。
纪检（监察）、工会机构按有关规定调协。
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