市环保局设3个职能科（室）。
（一）办公室
负责会议组织、文电处理、信访、保卫、档案、保密、信息及机关财务和国有资产管理工作；监督所属二级单位的国有资产管理、财务审计工作；督促检查机关规章制度的落实情况；负责全局人事工作和在职人员的岗位培训与继续教育；管理局及所属二级单位的人员编制、劳动工资、计划生育、财务审计工作；协助局领导协调机关行政事务，抓好精神文明建设；负责环境保护宣传教育和新闻报道工作。
（二）环境管理科
负责全市环境管理，组织城市环境综合整治工作；负责限额内开发建设项目、技术发行载项目和扩建项目的环境保护审批，督促“三同时”制度的落实并负责竣工验收；执行国家工业污染防治的政策、法律、法规、标准，督促限期治理工程的按时完成并负责竣工验收；负责各地企业的环境管理，监督检查生态生态自然环境保护和生物多样性保护工作；组织实施排污许可证制度、污染物总量控制制度，负责有毒化学品、放射性物品和有毒有害废物的管理工作；负责市环保保护委员会的日常事务工作；负责办理人大、政协提案、议案和建议，接待群众来信来访，协调处理各种污染纠纷，调查处理各类环境污染事故；指导环境监理机构实施环境监理和排污收费工作。
（三）科研监测科
参与制定全市经济和社会发展中长期规划、年度计划、国土开发整治规划、区域经济开发规划，承担城市总体规划关于环境保护部分的编制任务；组织实施国家环境保护经济技术政策和标准；负责申报跨世纪绿色工程计划等与环境保护有关的各种项目，并协同有关部门抓好落实工作组织环境科技攻关，管理全市环境科技成果；负责环境保护技术和资金引进工作；负责环境保护设备的质量监督、认证和环境标志管理；负责全市环境统计，组织公害病调查，并提出污染防治对策；组织贯彻环境监测工作条例，督促和指导监测机构实施环境监测；拟定环境保护目标考核责任书，并组织考核验收。
纪检（监察）、工会机构按有关规定设置。
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